一、条斑紫菜叶绿体甘油醛-3-磷酸脱氢酶的cDNA克隆和序列分析(英文)（论文文献综述）
何渊[1]（2019）在《浒苔绿潮暴发的分子生物学机制研究》文中认为浒苔（Ulva prolifera）隶属于绿藻门（Chlorophyta）、石莼纲（Ulvophyceae）、石莼目（Ulvales）、石莼科（Ulvaceae）、石莼属（Ulva）,藻体为鲜绿色或淡绿色,高度可达1-2m,直径可达2-3mm,有较多分枝,主枝显着,分枝细长,拥有典型的单层细胞管状构造,色素体不布满细胞内,有1个淀粉核。自从2007年以来,每年我国黄海都会暴发大规模主要由浒苔构成的“绿潮”灾害,该灾害给沿海地区的生态环境和经济带来了很大的负面影响,因此对浒苔的基本生物学特征、发生机理等一系列生物学研究是非常迫切和必要的。本文应用浒苔作为研究对象,首先对其进行了全基因组的测定,这对全方位了解浒苔的分子进化,基因构成,基因调控等方面有着非常重要的意义。对浒苔基因组进行了从头测序、组装,拼接结果为 contigN50 为 675,063 bp,contigN75 为 277,886 bp,基因组的大小为 87,889,290 bp,约为87.9 Mb,GC含量为55.92%。得出的基因总数量为10,311个,基因的总长度为17,932,935 bp,约为17.93 M,基因长度占总基因组的20.4%;最短基因长度为201 bp,最长基因长度为18,024 bp,基因平均长度为1739 bp。重复序列中串联重复序列共有20,001个,其中简单重复序列最多有19,009个占了 95.0%,散在重复序列共有8,237个,其中长末端重复序列最多有4,353个占了 52.8%。分析数据库注释信息检测到了细胞分裂基因、磷酸化基因以及大量抗逆基因,这些基因的发现有助于我们从基因组层面理解浒苔在海面上快速生长的重要原因。利用Illumina测序平台对三种不同温度:12℃、20℃和28℃;三种强度光照:100OLux、5000Lux和12000Lux:三种不同盐度:12‰。、24‰和40‰培养条件下的浒苔进行转录组测序分析,这一研究模拟并获得了自然界环境的变化对浒苔的代谢通路和生命活动所产生的影响。低温下类胡萝卜素等色素的合成增加,碳代谢活动增强,高温造成了浒苔的光合作用加强,而蛋白质合成作用下降;低光条件下浒苔的蛋白质合成和细胞连接作用增强,而细胞的吞噬作用削弱了,高光条件下浒苔的光合作用、蛋白质合成作用和脂肪酸合成作用加强了;低盐条件下参与构成细胞骨架的基因上调了从而维持浒苔在低盐条件下正常的细胞形态,同时蛋白质分解作用加强,蛋白质的合成、细胞连接作用减弱了,高盐条件下浒苔线粒体中的电子传递链作用加强即浒苔的能量产生加强了,同时和脂肪酸有关的代谢活动也增强了,但是蛋白质合成作用下降了。以萜类和脂类合成通路中的关键基因作为代表,研究浒苔在不同生长条件下,次生代谢产物合成过程中基因表达的变化情况。qPCR结果显示低温和高温会促进浒苔的萜类和脂类合成途径基因的表达;高光照不利于浒苔萜类合成途径基因的表达。而脂类合成途径的两个基因在中光时的表达量最低,高光照促进了这两个基因的表达;高盐度条件下,有利于浒苔萜类合成途径基因的表达,而脂类合成途径的两个基因在高盐浓度下的表达量均是最高的,说明高盐条件下脂类合成相关基因的表达同样提高了。为进一步探究浒苔快速生长的机理,分别以附着于紫菜养殖筏架的定生浒苔和漂浮于江苏滨海海面上的漂浮浒苔作为研究对象进行转录组测序分析,数据库注释结果显示浒苔在定生状态时蛋白质的合成活动增强,漂浮状态时由于海面能够更好地获取充足阳光因此光合作用增强了,同时氧化磷酸化活动增强即伴随着更多ATP的生成,这很可能是漂浮浒苔比定生浒苔生长迅速且在短时间内能够大量暴发的重要原因之一。比较漂浮浒苔和定生浒苔中重要的代谢活动包括糖代谢、氮代谢、磷代谢、硫代谢、碳固定等的基因表达水平差异,qPCR结果表明漂浮浒苔各代谢活动有关的大多数基因的表达水平高于定生浒苔,意味着漂浮浒苔的这些代谢活动要比定生浒苔更加旺盛。这些结果进一步加深了我们对浒苔各类代谢活动的认识,旺盛的代谢活动为之后漂浮浒苔短时间的大规模暴发提供了充分的物质基础。从代谢活动这一全新的的角度对漂浮浒苔的暴发机理进行了分析,为解析“绿潮”产生的原因提供了有价值的资料。
张忠山,王晓梅,刘峰,杨志红,吴湘[2]（2018）在《紫菜抗逆境生理与调控机制研究进展》文中研究指明逆境胁迫生理是当前植物生理学研究的热点领域。作为世界上重要的经济海藻之一,紫菜养殖量逐年增加。但是由于紫菜主要生长于潮间带或者低潮带区域,海水环境中各种非生物胁迫是影响紫菜产量的重要威胁。近年来,随着m RNA差异显示、抑制消减杂交、c DNA代表性差异分析等技术的发展,国内外学者围绕紫菜抗逆生理的基因调控机制展开了一系列的研究,取得一定的科学认知。本文综述了紫菜在高低温、干出、光照、营养盐与重金属等胁迫因子影响下的生理生化特征及其抗逆调控机制等方面的主要研究进展,提出了研究展望。本研究拟为今后改良紫菜抗逆性的遗传育种工作提供参考。
王晓林,吉姣姣,高建平[3]（2018）在《党参CpGAPDH基因的克隆及表达分析》文中指出甘油醛-3-磷酸脱氢酶（glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase,GAPDH）基因为糖代谢过程中关键酶基因及常用内参基因。该研究以党参Codonopsis pilosula转录组数据库为基础,以马铃薯GAPDH基因为参照,同源克隆得到党参GAPDH基因,命名为CpGAPDH,基因开放阅读框（ORF）全长1 014 bp,编码337个氨基酸。生物信息学分析表明,CpGAPDH与其他物种GAPDH具有高度相似性,与马铃薯、丹参GAPDH亲缘关系较近,无信号肽,预测其定位于细胞质,且具多个磷酸化位点,结合保守结构域预测分析,该蛋白属于四聚体NAD结合酶超家族。原核表达分析发现重组工程菌可诱导表达出接近44.3 k Da的蛋白质,与理论相对分子质量基本相符。qRT-PCR分析显示CpGAPDH基因在不同组织及不同发育时期根系中相对表达量差异不显着,稳定性分析显示该基因表达较稳定,由此克隆得到了1个新的党参候选内参基因,为党参多糖合成相关基因的表达分析奠定了基础。
孔静静,陆许可,赵小洁,阴祖军,王帅,王德龙,王俊娟,樊伟丽,张德超,张天豹,叶武威[4]（2015）在《杜氏盐藻甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因在棉花中的转化及分子检测》文中指出根据NCBI核酸数据库中杜氏盐藻耐盐基因甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因（dunaliella salina glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase,Ds GAPDH）的c DNA全长序列信息,本研究利用RT-PCR技术扩增克隆该基因,获得完整全长为1 131 bp并编码376个氨基酸的多肽的ORF序列。生物信息学分析表明:Ds GAPDH编码的蛋白与拟南芥、蒺藜苜蓿、玉米和葡萄等物种高度同源,分别达到90%、92%、96%和97%。构建的系统发育树结果显示,该基因编码的蛋白与团藻中该蛋白的亲缘关系最为接近。该蛋白主要由四种二级结构即α-螺旋、β-折叠、转角和无规则卷曲等组成。构建p BI121-Ds GAPDH植物表达载体,以非抗虫棉F12A、F12B和HU-749513为材料,利用基因枪活体技术转化棉花花粉,并对T0代种子进行分子检测和相关序列验证,成功获得两株阳性转基因植株,为基因枪活体转化技术研究奠定了一定的实践基础,同时也为棉花耐盐机制的研究提供了新材料。
李兵[5]（2013）在《坛紫菜转录组及应答高温胁迫的表达谱分析》文中指出坛紫菜（Pyropia haitanensis）是我国南方沿海传统大宗的海水养殖种类。开展坛紫菜高温胁迫应答机制研究,以指导耐高温品种的选育,是解决当前坛紫菜栽培中频繁发生的“高温烂菜”问题的基础,也是保证坛紫菜栽培业可持续健康发展的前提。本研究以坛紫菜耐高温型品系Z-61为材料,首先通过高通量转录组测序,建立坛紫菜的全转录组序列数据库;然后通过数字基因表达谱分析建立Z-61品系应答高温胁迫不同时间水平的基因表达谱,筛选出高温胁迫应答的相关基因,并对部分基因进行了全长克隆及表达分析。主要结果如下:1.利用Solexa技术对不同品系、不同生理状态的坛紫菜混合样品进行了高通量转录组测序,共获得长度为90bp的高质量序列102,967,578条,从头组装后获得平均长度为645bp的Unigene序列24,575条。经与公共数据库的同源序列比对,其中16,377（66.64%）条Unigene获得功能注释,其中包含大量热激蛋白及抗逆相关基因。2.通过数字基因表达谱（DGE）技术分析了各Unigene在高温（29℃）胁迫0h,3h,6h和12h下的基因表达情况,结果发现同0h相比,高温胁迫3h,6h和12h分别有2,076,1,927和1,298条Unigene的表达水平发生了显着性变化。基因功能分类结果表明这些差异表达基因主要涉及蛋白质的生物合成与降解、碳代谢、光合作用和应激响应等。Pathway显着性富集分析发现蛋白质生物合成、光合作用和碳固定等途径相关的基因表达水平几乎均表现为先下调后上调的表达趋势;与之相对应的是,热激蛋白家族基因的表达水平则呈现为先上调后下调表达的趋势。由此推测坛紫菜高温胁迫应答的可能过程是:高温胁迫初期,由于受到不适温度的影响,各功能蛋白活性受到抑制,光合作用、蛋白质合成、糖和氨基酸代谢等的速率均下降,这一生理状态刺激了热激蛋白的表达与合成,从而稳定了各蛋白质的活性,使得各代谢途径相关基因的表达水平开始回升,而热激蛋白的表达量也相应下调。这一结果说明热激蛋白基因的表达在坛紫菜的高温胁迫应答中发挥着至关重要的作用。3.通过RACE技术对11条热激蛋白基因（1条HSP100,2条HSP90,5条HSP70,1条HSP60,1条HSP40,1条sHSP）进行了全长克隆,并通过qRT-PCR技术检测了这些基因在高温胁迫不同时间水平下的表达情况,结果发现这些热激蛋白基因的表达水平均表现为先上调后下降的趋势,且sHSP的表达水平变化尤其显着。这与DGE的结果相一致。4.从转录组Unigene序列中筛选了6个看家基因（18S,UBC,ACT,TUB,EF2,GAPDH）,利用荧光定量PCR研究了它们在不同品系,不同生活史和不同胁迫条件下的表达情况,通过比较CT法,geNorm和NormFinder软件分析3种方法评价了6个基因在不同条件下的表达稳定性。结果表明:各样本之间表达最稳定的看家基因是UBC,而GAPDH的表达水平最不稳定。由此建议UBC可作为坛紫菜qRT-PCR实验的内参。本实验结果为坛紫菜的功能基因组学及抗逆分子机理研究奠定了基础。
杭楠[6]（2012）在《坛紫菜应答高温胁迫蛋白质组学的初步研究》文中认为坛紫菜是我国南方沿海传统大宗的海水养殖种类，是我国特有的暖温带性品种，在全球气候变暖的大背景下，每年秋季发生的高温回暖天气给紫菜栽培业的可持续发展产生了不可忽视的影响。目前，已对坛紫菜高温胁迫应答的生理机制及转录水平的基因表达变化开展了一系列的研究，但对高温胁迫条件下，坛紫菜蛋白质组的差异表达研究却未见报导。本研究以坛紫菜Z-61纯系叶状体为实验材料，以常温培养（21℃）及高温胁迫（29℃）不同时间水平下（0、2、4、6、8d）的坛紫菜叶状体为对照组和实验组，运用比较蛋白质组学方法研究高温胁迫前后蛋白在质和量方面的变化，通过软件分析寻找差异蛋白质，并借助于质谱技术及生物信息学方法系统地鉴定这些差异蛋白，旨在揭示与高温胁迫相关的蛋白质的生物学功能，以期为全面认识坛紫菜的抗逆性机理奠定基础，同时也为后续坛紫菜抗逆新品种的选育提供理论指导。本研究获得主要结果如下：1.通过对3种常用植物蛋白质分离方法进行了优化和改进，并分别同3种蛋白质裂解液联用，比较了9种方法的坛紫菜叶状体总蛋白质得率及双向电泳图谱效果。结果发现采用三氯乙酸/丙酮沉淀法与裂解液C（7mol/L尿素，2mol/L硫脲，2%CHAPS，2%TritonX-100，2%IPG Buffer pH310，65mmol/L DTT）联用的方法，坛紫菜叶状体的蛋白质得率最高，且双向电泳图谱显示此法获得的蛋白质点数最多，蛋白点形状规则，水平和垂直拖尾情况较轻，图像清晰，是适用于坛紫菜叶状体蛋白质2-DE分析的最佳样品制备方法。2.通过双向电泳分离技术，发现坛紫菜叶状体蛋白质主要集中在pH47范围内，平均达到86.6%，为此认为采用窄pH范围的胶条（pH47），可以使该范围内的蛋白质得到更为有效的分离。为了获得更高的分辨率，实验进一步摸索了24cm，pH47的IPG胶条的等电聚焦程序，结果表明24cm IPG胶条最佳的等电聚焦条件为10000V，90000VH。3.通过不同温度不同处理时间水平下的双向电泳分析发现，有87个蛋白点的表达水平发生了2倍以上差异变化，通过质谱成功鉴定了其中60个差异蛋白点。这些差异蛋白分别涉及代谢作用、光合作用、呼吸作用、抗氧化作用、转录和翻译、细胞信号转导、应激蛋白、细胞骨架等多种生命过程。
邵惠[7]（2012）在《条斑紫菜（Pyropia/Porphyra yezoensis）实时荧光定量PCR内参基因的筛选》文中认为实时荧光定量PCR是研究基因表达的一项有效的技术，但是要准确的反应基因表达状况，需要表达稳定的管家基因作为内参基因。条斑紫菜是潮间带藻类的代表性模式物种，随着潮汐作用，条斑紫菜要周期性的经历海水和空气两种截然相反的环境条件的变化，低潮时会面临诸多的环境因子剧烈变化的胁迫；同时条斑紫菜生活史为异型世代交替，存在叶状体和丝状体两种形态差异显着的世代，是研究大型藻类抗逆性机制及世代发育的良好材料。加强对条斑紫菜内参基因的筛选，将为研究相关基因的表达规律、揭示条斑紫菜的生物学特性奠定基础。本研究对条斑紫菜进行了不同的胁迫处理，包括温度变化处理、光照变化处理、失水处理三种。选取了肌动蛋白（ACT3）、泛素结合蛋白（UBC）、3-磷酸甘油脱氢酶（GAPDH）、翻译起始因子（eIF4A）、延伸因子（EF）、α微管蛋白（TUA）六个常用的管家基因作为候选基因，通过实时荧光定量PCR技术检测这6个基因在不同环境因子及发育世代下的表达稳定性，利用NormFinder、GeNorm、Best-keeper等软件筛选表达最稳定的基因。Best-keeper分析表明，在不同处理条件胁迫处理的样品中，ACT3、eIF4A、EF适合于单独内参或多个内参的选择，GAPDH适合于单独内参的选择。在不同的发育时期eIF4A、EF适合于单独内参或多个内参的选择，UBC适合于单独内参的选择。NormFinder软件分析表明，在不同的胁迫处理条件下，表达最稳定的是ACT3，其次为eIF4A和EF；而在不同的发育时期，表达最稳定的是UBC，其次为EF及GAPDH；在以上两种情况下，TUA都是表达最不稳定的，不适合作为内参基因。GeNorm软件分析表明，不管是在不同的处理条件胁迫还是不同的发育时期，eIF4A和EF是合适的一对内参基因，这与前两个软件的分析相吻合。综合三个软件的分析，若使用单一内参基因，在研究条斑紫菜不同发育时期的基因表达情况时，选择采用泛素结合蛋白UBC作为内参基因，而研究叶状体在不同环境胁迫下的基因表达时，则可选择肌动蛋白ACT3作为内参。若使用一对基因作为候选基因，eIF4A和EF是最合适的。
邢朝斌,吴鹏,陈龙,梁能松,何闪[8]（2012）在《刺五加GAPDH基因的克隆及序列分析》文中研究表明目的对刺五加Eleutherococcus senticosus GAPDH基因进行克隆及序列分析,使其成为可用的内参照基因。方法采用改良的异硫氰酸胍法提取刺五加总RNA,运用RT-PCR法克隆GAPDH基因的部分序列,并以其为内参照基因进行半定量PCR。结果克隆了长度为627 bp的刺五加GAPDH基因,推测其编码209个氨基酸,与三七、人参、拟南芥的GAPDH氨基酸序列同源性分别为97%、93%、93%,核苷酸同源性分别为94%、86%、84%。其作为内参照基因的半定量PCR具有良好的扩增效果和重现性。结论首次分离并克隆了刺五加GAPDH cDNA,证实该序列可以作为基因表达分析的内参照基因,为刺五加苷生物合成中关键酶的表达分析及调控机制研究奠定基础。
牛建峰,高胜寒,骆迎峰,袁野,王广策,胡松年[9]（2011）在《条斑紫菜低覆盖度基因组草图分析》文中指出对条斑紫菜（Porphyra yezoensis）进行Solexa高通量测序,获得低覆盖度全基因组草图。该基因组草图大小约220 Mbp,GC质量分数53.08%;包含26 629个预测基因,其中16 409个基因具有内含子,平均每个基因含2.22个内含子;基因结构分析表明具有内含子的基因平均长度为2 214 bp,内含子平均大小319 bp;代谢通路分析表明嘌呤代谢是含有蛋白数量最多的代谢途径。本研究所得条斑紫菜低覆盖度全基因组草图快速获取了基因组大小和蛋白编码基因结构等基本信息,证明了使用Solexa高通量测序技术对条斑紫菜进行全基因组测序的可行性。
刘建新,张智,丁华侨,葛亚英,王炜勇[10]（2010）在《擎天凤梨GAPDH基因的克隆及序列分析》文中进行了进一步梳理管家基因GAPDH（glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase）常被用作定量、半定量PCR试验的内参,以确定目标基因的相对表达量。基于前期从全长cDNA文库中获得GAPDH基因的EST单克隆,进行PrimerWalking测序,获得一个GAPDH的全长cDNA序列,序列长1 790 bp,编码421个蛋白氨基酸,命名为GoGAP-DH1。采用Blast,ExPASy,ProtParam,SPOMA,Find Conserved Domains（NCBI）,ClustalX,MEGA等生物信息学软件对cDNA序列、氨基酸序列、保守区、亲缘关系等特征进行分析。结果表明,GoGAPDH1与玉米的细胞质GAPDH基因源性最高,为82%。初步推断GoGAPDH1可能是一个胞质型GAPDH。
二、条斑紫菜叶绿体甘油醛-3-磷酸脱氢酶的cDNA克隆和序列分析(英文)（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、条斑紫菜叶绿体甘油醛-3-磷酸脱氢酶的cDNA克隆和序列分析(英文)（论文提纲范文）
（1）浒苔绿潮暴发的分子生物学机制研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 第一章 文献综述 |
| 1. 藻类基因组研究进展 |
| 2. 藻类转录组研究进展 |
| 3. 浒苔简介 |
| 4. 萜类的性质和合成研究 |
| 4.1 萜类化合物的简介 |
| 4.2 萜类合成途径 |
| 4.3 萜类合成途径的关键酶 |
| 5. 脂类的性质和合成研究 |
| 6. 定生浒苔与漂浮浒苔相关代谢通路分析 |
| 6.1 浒苔的两种不同状态——漂浮和定生 |
| 6.2 浒苔主要的代谢通路 |
| 7. 课题研究内容和意义 |
| 7.1 研究内容 |
| 7.2 研究目的和意义 |
| 第二章 浒苔基因组测序 |
| 1 实验材料 |
| 2 实验方法 |
| 2.1 藻体收集 |
| 2.2 DNA的提取 |
| 2.3 基因组DNA片段化和浓缩 |
| 2.4 基因文库的构建和测序 |
| 2.5 基因组组装 |
| 2.6 生物信息学分析 |
| 2.7 进化树的构建 |
| 2.8 基因组共线性分析 |
| 3 结果分析 |
| 3.1 测序数据分析 |
| 3.2 基因组组装 |
| 3.3 编码基因预测 |
| 3.4 重复序列分析 |
| 3.5 非编码RNA预测 |
| 3.6 基因的功能注释 |
| 3.7 浒苔和易变石莼比较基因组分析 |
| 3.8 系统进化树的构建 |
| 3.9 浒苔和易变石莼共线性分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 浒苔基因组的大小 |
| 4.2 浒苔基因组特征 |
| 4.3 浒苔在绿藻中的进化地位 |
| 4.4 浒苔基因组中与快速生长相关基因分析 |
| 4.5 浒苔基因组中抗逆基因的分析 |
| 第三章 不同温度条件下浒苔转录组测序及分析 |
| 1 实验材料 |
| 2 实验方法 |
| 2.1 藻体的收集 |
| 2.2 RNA的提取 |
| 2.3 文库的构建和测序 |
| 2.4 数据的分析 |
| 2.5 测序序列质量评估 |
| 2.6 数据产出统计 |
| 2.7 测序数据的De nove拼接 |
| 2.8 Unigene的功能注释 |
| 2.9 SSR序列的分析 |
| 2.10 Unigene表达水平分析 |
| 2.11 差异表达的Unigene筛选 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 测序数据的统计和质量分析 |
| 3.2 基因功能注释 |
| 3.3 SSR序列分析 |
| 3.4 不同温度条件下差异表达Unigene分析 |
| 3.5 差异表达基因富集分析 |
| 3.6 差异表达基因的KEGG Pathway注释结果 |
| 4 讨论 |
| 第四章 不同光照条件下浒苔转录组测序及分析 |
| 1 实验材料 |
| 2 实验方法 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 测序数据的统计和质量分析 |
| 3.2 基因功能注释 |
| 3.3 SSR序列分析 |
| 3.4 不同光照条件下差异表达Unigene分析 |
| 3.5 差异表达基因富集分析 |
| 3.6 差异表达基因的KEGG Pathway注释结果 |
| 4 讨论 |
| 第五章 不同盐度条件下浒苔转录组测序及分析 |
| 1 实验材料 |
| 2 实验方法 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 测序数据的统计和质量分析 |
| 3.2 基因功能注释 |
| 3.3 SSR序列分析 |
| 3.4 不同盐度条件下差异表达Unigene分析 |
| 3.5 差异表达基因富集分析 |
| 3.6 差异表达基因的KEGG Pathway注释结果 |
| 4 讨论 |
| 第六章 浒苔萜类和脂类合成途径相关基因的克隆与表达分析 |
| 1 实验材料与仪器试剂 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验仪器 |
| 1.3 实验试剂 |
| 2 实验方法 |
| 2.1 浒苔DNA的提取 |
| 2.2 浒苔总RNA的提取 |
| 2.3 PCR的cDNA的合成 |
| 2.4 扩增引物的设计 |
| 2.5 浒苔萜类合成途径和脂类基因的分子克隆 |
| 2.6 浒苔萜类合成MEP途径各基因的系统发育树分析 |
| 2.7 不同生长条件下浒苔萜类和脂类相关基因的表达水平研究 |
| 3 实验结果与分析 |
| 3.1 浒苔的实验室培养 |
| 3.2 浒苔基因组DNA和总RNA的提取 |
| 3.3 浒苔萜类和脂类合成相关基因的克隆以及同源性分析 |
| 3.4 浒苔MEP途径基因的进化树构建 |
| 3.5 不同培养条件下萜类和脂类合成基因表达差异 |
| 4 讨论 |
| 第七章 定生和漂浮浒苔转录组测序及分析 |
| 1 实验材料 |
| 2 实验方法 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 测序数据的统计和质量分析 |
| 3.2 三重复样品相关性分析 |
| 3.3 基因功能注释 |
| 3.4 “D”和“P”两种浒苔差异表达Unigene分析 |
| 3.5 “D”和“P”两种浒苔差异Unigene表达水平聚类分析 |
| 3.6 差异表达基因富集分析 |
| 4 讨论 |
| 第八章 定生和漂浮浒苔代谢相关基因的表达分析 |
| 1 实验材料 |
| 2 实验方法 |
| 2.1 定生和漂浮浒苔RNA的提取以及cDNA合成 |
| 2.2 主要代谢基因的选取 |
| 2.3 定生和漂浮浒苔主要代谢基因qPCR实验 |
| 3 实验结果与分析 |
| 3.1 糖酵解相关基因的表达情况 |
| 3.2 戊糖磷酸途径相关基因的表达情况 |
| 3.3 硫代谢相关基因的表达情况 |
| 3.4 氮代谢相关基因的表达情况 |
| 3.5 甘油磷脂代谢相关基因的表达情况 |
| 3.6 磷代谢相关基因的表达情况 |
| 3.7 碳固定相关基因的表达情况 |
| 4 讨论 |
| 结论 |
| 创新点 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间公开发表的论文 |
| 致谢 |
（2）紫菜抗逆境生理与调控机制研究进展（论文提纲范文）
| 1 抗高温胁迫 |
| 2 抗失水胁迫 |
| 3 抗高光照/紫外辐照胁迫 |
| 4 抗营养盐与重金属胁迫 |
| 5 抗逆内参基因与酶基因 |
| 6 抗逆育种 |
| 7 讨论与展望 |
（3）党参CpGAPDH基因的克隆及表达分析（论文提纲范文）
| 1 材料 |
| 2 方法 |
| 2.1 Cp GAPDH基因全长c DNA的克隆 |
| 2.2 Cp GAPDH基因的生物信息学分析 |
| 2.3 Cp GAPDH基因原核表达载体的构建 |
| 2.4 p ET-28 a-Cp GAPDH重组蛋白原核表达分析 |
| 2.5 党参Cp GAPDH基因时空表达分析 |
| 2.6 党参Cp GAPDH基因表达稳定性分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 党参Cp GAPDH基因克隆 |
| 3.2 党参Cp GAPDH基因生物信息学分析 |
| 3.3 党参Cp GAPDH氨基酸序列分析 |
| 3.4 党参Cp GAPDH基因原核表达分析 |
| 3.5 党参Cp GAPDH基因时空表达分析 |
| 4 讨论 |
（4）杜氏盐藻甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因在棉花中的转化及分子检测（论文提纲范文）
| 1 结果与分析 |
| 1.1 Ds GAPDH 基因 ORF 的克隆 |
| 1.2 生物信息学分析 |
| 1.3 植物表达载体的构建 |
| 1.4 转基因棉花 T0代种子的检测 |
| 2 讨论 |
| 3 材料和方法 |
| 3.1 材料 |
| 3.2 方法 |
| 3.2.1 RNA 的提取和 c DNA 的制备 |
| 3.2.2 基因完整 ORF 的获得 |
| 3.2.3 生物信息学分析 |
| 3.2.4 植物表达载体构建 |
| 3.2.5 基因枪活体转化棉花 |
| 3.2.6 转基因棉花 T0代种子的检测 |
| 作者贡献 |
（5）坛紫菜转录组及应答高温胁迫的表达谱分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 引言 |
| 1.1 植物应答高温胁迫的研究进展概述 |
| 1.1.1 植物对高温胁迫的生理响应 |
| 1.1.2 植物对高温胁迫的分子响应 |
| 1.2 紫菜抗逆机理研究进展 |
| 1.3 转录组学研究技术 |
| 1.3.1 表达序列标签（EST） |
| 1.3.2 基因芯片技术 |
| 1.3.3 RNA-Seq技术 |
| 1.3.4 转录组学技术在海藻中的应用 |
| 1.4 内参基因研究进展 |
| 1.4.1 内参基因应具备的条件 |
| 1.4.2 内参基因表达稳定性评估方法研究 |
| 1.5 本研究的目的意义 |
| 第2章 材料与方法 |
| 2.1 实验材料及处理 |
| 2.2 实验仪器 |
| 2.3 实验试剂 |
| 2.4 实验引物 |
| 2.5 实验方法 |
| 2.5.1 坛紫菜总RNA的提取 |
| 2.5.2 总RNA的质量检测 |
| 2.5.3 坛紫菜的转录组测序 |
| 2.5.4 坛紫菜不同高温胁迫时期的表达谱测序 |
| 2.5.5 实时荧光定量PCR |
| 2.5.6 基因克隆 |
| 2.5.7 内参基因的筛选 |
| 第3章 实验结果 |
| 3.1 坛紫菜的转录组测序分析 |
| 3.1.1 实验样品RNA制备质量检测 |
| 3.1.2 测序结果及组装 |
| 3.1.3 转录组测序数据与数据库中坛紫菜EST的比较分析 |
| 3.1.4 基因功能注释 |
| 3.1.5 抗逆相关基因 |
| 3.2 坛紫菜高温胁迫的表达谱分析 |
| 3.2.1 测序质量评估 |
| 3.2.2 Clean Tag拷贝数分布统计 |
| 3.2.3 测序饱和度分析 |
| 3.2.4 参考基因序列数据库的基本情况 |
| 3.2.5 Clean Tag比对具体情况的统计分析 |
| 3.2.6 差异表达基因的筛选 |
| 3.2.7 Gene Ontology功能显着性富集分析 |
| 3.2.8 Pathway显着性富集分析 |
| 3.2.9 差异表达基因的筛选 |
| 3.2.10 表达谱结果的qRT-PCR验证 |
| 3.3 坛紫菜定量内参基因的选择 |
| 3.3.1 基因的特异性融解曲线 |
| 3.3.2 基因的扩增效率及绝对表达量 |
| 3.3.3 候选基因稳定性分析 |
| 3.4 坛紫菜热激蛋白基因家族的克隆及分析 |
| 3.4.1 坛紫菜热激蛋白基因家族的克隆 |
| 3.4.2 坛紫菜PhHSP100基因的克隆及表达分析 |
| 3.4.3 坛紫菜PhHSP90基因的克隆及表达分析 |
| 3.4.4 坛紫菜PhHSP70基因的克隆及表达分析 |
| 3.4.5 坛紫菜PhHSP60基因的克隆及表达分析 |
| 3.4.6 坛紫菜PhHSP40基因的克隆及表达分析 |
| 3.4.7 坛紫菜PhsHSP基因的克隆及表达分析 |
| 第4章 讨论 |
| 4.1 坛紫菜转录组测序分析 |
| 4.2 坛紫菜基因表达内参的选择 |
| 4.3 坛紫菜高温胁迫的表达谱分析 |
| 4.4 热激蛋白家族基因在坛紫菜高温胁迫应答中的作用 |
| 结论与展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 在学期间发表的学术论文 |
（6）坛紫菜应答高温胁迫蛋白质组学的初步研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 前言 |
| 1.1 高温胁迫对紫菜栽培生产的影响 |
| 1.2 蛋白质组学研究概述 |
| 1.2.1 蛋白质组学的产生及其概念 |
| 1.2.2 蛋白质组学研究技术 |
| 1.3 植物高温胁迫应答的研究进展 |
| 1.3.1 植物高温胁迫应答的生理机制研究 |
| 1.3.2 植物高温胁迫应答的分子机制研究 |
| 1.3.3 植物高温胁迫应答的蛋白质组研究 |
| 1.3.4 藻类高温胁迫应答的研究进展 |
| 1.4 藻类蛋白质组学研究进展 |
| 1.5 本研究的目的、意义及技术路线 |
| 1.5.1 本研究的目的、意义 |
| 1.5.2 本研究的技术路线 |
| 第2章 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验仪器 |
| 2.3 主要实验试剂 |
| 2.3.1 坛紫菜培养母液 |
| 2.3.2 蛋白质沉淀主要试剂 |
| 2.3.3 蛋白质溶解主要试剂 |
| 2.3.4 考马斯亮蓝法测定蛋白浓度的主要试剂 |
| 2.3.5 SDS-PAGE 实验主要试剂 |
| 2.3.6 双向电泳实验主要试剂 |
| 2.4 实验方法 |
| 2.4.1 材料的培养与胁迫处理 |
| 2.4.2 蛋白质沉淀 |
| 2.4.3 蛋白质溶解 |
| 2.4.4 考马斯亮蓝法测定蛋白浓度 |
| 2.4.5 SDS-PAGE 实验 |
| 2.4.6 双向电泳实验 |
| 2.4.7 凝胶扫描 |
| 2.4.8 图像分析与差异点确定 |
| 2.4.9 挖点与质谱分析 |
| 2.4.10 数据库搜索与蛋白质鉴定 |
| 2.4.11 蛋白质功能分析 |
| 第3章 结果 |
| 3.1 坛紫菜叶状体蛋白质双向电泳样品的制备方法 |
| 3.1.1 蛋白质的定量检测 |
| 3.1.2 不同沉淀方法分离的坛紫菜叶状体总蛋白质得率比较 |
| 3.1.3 不同裂解方法坛紫菜叶状体总蛋白质得率比较 |
| 3.1.4 不同方法获得的 SDS-PAGE 图像比较 |
| 3.1.5 不同方法获得的双向电泳图像比较 |
| 3.1.6 不同 pH 梯度胶条电泳图谱比较 |
| 3.1.7 24cm 胶条等电聚焦参数摸索 |
| 3.2 高温胁迫下坛紫菜叶状体蛋白质双向电泳图谱 |
| 3.2.1 高温胁迫和常温培养不同天数坛紫菜叶状体双向电泳图谱 |
| 3.2.2 组内实验的重复性及其效果 |
| 3.3 高温胁迫和常温培养不同天数坛紫菜叶状体双向电泳图谱分析 |
| 3.4 坛紫菜蛋白的质谱分析和数据库检索鉴定结果 |
| 3.5 差异表达蛋白点在不同时间节点的表达量变化 |
| 3.6 鉴定成功的蛋白质功能分类 |
| 第4章 讨论 |
| 4.1 坛紫菜叶状体蛋白质双向电泳样品制备方法的比较分析 |
| 4.1.1 坛紫菜叶状体蛋白质不同提取方法的比较分析 |
| 4.1.2 不同裂解液的比较分析 |
| 4.1.3 不同 pH 范围胶条的选择 |
| 4.2 差异表达蛋白与高温胁迫抗性之间的关系 |
| 4.2.1 与物质代谢相关的蛋白 |
| 4.2.2 与光合作用相关的蛋白 |
| 4.2.3 与呼吸作用相关的蛋白 |
| 4.2.4 与抗氧化相关的蛋白 |
| 4.2.5 与转录和翻译相关的蛋白 |
| 4.2.6 与信号转导相关的蛋白 |
| 4.2.7 与应激相关的蛋白 |
| 4.2.8 与细胞骨架相关的蛋白 |
| 4.3 下一步研究设想 |
| 结论与展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 在学期间发表的学术论文 |
（7）条斑紫菜（Pyropia/Porphyra yezoensis）实时荧光定量PCR内参基因的筛选（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 一、前言 |
| 1. 条斑紫菜（Pyropia/Porphyra yezoensis）概述 |
| 1.1 条斑紫菜的生物学特性 |
| 1.1.1 条斑紫菜的分类学地位 |
| 1.1.2 条斑紫菜的生活史 |
| 1.2 条斑紫菜的应用价值 |
| 1.3 条斑紫菜的生物学研究进展 |
| 2. 实时定量荧光 PCR |
| 2.1 实时荧光定量 PCR 的原理 |
| 2.2 实时荧光定量 PCR 的应用 |
| 3. 内参基因研究进展 |
| 4. 研究目的及意义 |
| 二、材料与方法 |
| 1. 材料 |
| 1.1 实验试剂 |
| 1.2 实验中部分溶液的配制方法 |
| 1.3 实验仪器 |
| 2. 方法 |
| 2.1 条斑紫菜材料处理 |
| 2.2 条斑紫菜总 RNA 的提取及 cDNA 的合成 |
| 2.2.1 条斑紫菜总 RNA 的提取 |
| 2.2.2 DNA 消化 |
| 2.2.3 cDNA 第一链的合成 |
| 2.2.4 cDNA 第一链检测 |
| 2.3 引物设计及检测 |
| 2.3.1 引物设计 |
| 2.3.2 引物检测 |
| 2.4 标准品质粒的制备 |
| 2.4.1 目的片段的切胶回收 |
| 2.4.2 感受态细胞的制备 |
| 2.4.3 回收产物与载体的连接 |
| 2.4.4 pMD18T 载体转化大肠杆菌感受态 |
| 2.4.5 转化菌株的筛选及重组质粒的鉴定 |
| 2.4.6 重组标准品质粒的制备 |
| 2.5 用实时荧光定量 PCR 进行样品表达量的检测 |
| 三、结果 |
| 1. Trizol 法提取总 RNA 的电泳检测 |
| 2. 内参基因 PCR 扩增产物的检测 |
| 3. 实时荧光定量 PCR 结果分析 |
| 3.1 标准曲线制备 |
| 3.2 实验样品实时荧光定量熔解曲线 |
| 3.3 数据分析 |
| 3.3.1 Best-keeper 分析 |
| 3.3.2 NormFinder 分析 |
| 3.3.3 GeNorm 软件分析 |
| 四、讨论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（8）刺五加GAPDH基因的克隆及序列分析（论文提纲范文）
| 1 材料 |
| 2 方法 |
| 2.1 总RNA的提取 |
| 2.2 刺五加GAPDH基因的克隆 |
| 2.2.1 总RNA的逆转录 |
| 2.2.2 PCR扩增 |
| 2.2.3 PCR产物回收、克隆及序列测定 |
| 2.2.4 序列分析 |
| 2.2.5 相对定量PCR |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 总RNA质量分析 |
| 3.2 刺五加GAPDH基因的扩增与克隆 |
| 3.3 刺五加GAPDH基因c DNA序列分析 |
| 3.4 相对定量PCR分析 |
| 4 讨论 |
（9）条斑紫菜低覆盖度基因组草图分析（论文提纲范文）
| 1 材料和方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 Solexa基因组文库构建和测序 |
| 1.3 数据处理 |
| 1.3.1 数据预处理和拼接 |
| 1.3.2 基因组草图覆盖率评价 |
| 1.3.3 基因预测 |
| 1.3.4 基因注释 |
| 2 结果 |
| 2.1 数据预处理和拼接 |
| 2.2 条斑紫菜基因组草图覆盖率评价 |
| 2.3 基因预测 |
| 2.4 基因注释 |
| 3 讨论 |
（10）擎天凤梨GAPDH基因的克隆及序列分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 GoGAPDH1基因的克隆 |
| 2.2 全长cDNA及氨基酸序列的Blast分析 |
| 2.3 推定蛋白氨基酸的特征分析 |
| 2.4 分子系统树分析 |
| 3 讨论 |
四、条斑紫菜叶绿体甘油醛-3-磷酸脱氢酶的cDNA克隆和序列分析(英文)（论文参考文献）
- [1]浒苔绿潮暴发的分子生物学机制研究[D]. 何渊. 苏州大学, 2019(06)
- [2]紫菜抗逆境生理与调控机制研究进展[J]. 张忠山,王晓梅,刘峰,杨志红,吴湘. 植物生理学报, 2018(06)
- [3]党参CpGAPDH基因的克隆及表达分析[J]. 王晓林,吉姣姣,高建平. 中国中药杂志, 2018(04)
- [4]杜氏盐藻甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因在棉花中的转化及分子检测[J]. 孔静静,陆许可,赵小洁,阴祖军,王帅,王德龙,王俊娟,樊伟丽,张德超,张天豹,叶武威. 分子植物育种, 2015(02)
- [5]坛紫菜转录组及应答高温胁迫的表达谱分析[D]. 李兵. 集美大学, 2013(08)
- [6]坛紫菜应答高温胁迫蛋白质组学的初步研究[D]. 杭楠. 集美大学, 2012(04)
- [7]条斑紫菜（Pyropia/Porphyra yezoensis）实时荧光定量PCR内参基因的筛选[D]. 邵惠. 中国海洋大学, 2012(03)
- [8]刺五加GAPDH基因的克隆及序列分析[J]. 邢朝斌,吴鹏,陈龙,梁能松,何闪. 中草药, 2012(01)
- [9]条斑紫菜低覆盖度基因组草图分析[J]. 牛建峰,高胜寒,骆迎峰,袁野,王广策,胡松年. 海洋科学, 2011(06)
- [10]擎天凤梨GAPDH基因的克隆及序列分析[J]. 刘建新,张智,丁华侨,葛亚英,王炜勇. 浙江农业学报, 2010(06)